Browse phylogenetic trees FUGU

Fugu phylogenetic trees

For all Fugu gene families, containing 2 to 10 members, we looked for orthologous genes in other organisms (Human, mouse, fruitfly and other fish species). For these families, Neigbor Joining trees were drawn, which were used for relative dating of the duplication events within each gene family. Only these trees, supported with a bootstrap value reater than or equal to 700 (out of 1000), were retained. For these families, all proteins evolving significantly faster or slower than the others were removed in order to create linearized trees. When relevant branches were supported with a bootstrap value greater than or equal to 700 (out of 1000), these trees were used for absolute dating of the duplication events. In the table below, linearized trees are represented for those families giving both a significant and congruent relative and absolute date. The notation 1R/2R means the duplication occurred before the divergence of Fugu (ray-finned fishes) and Human (land vertebrates). 3R refers to duplication dates younger than the split between ray-finned fishes and land vertebrates.

TreeID	nr of fugu genes	Duplication nodes	Linearized tree
10	2	1R/2R	LT 10
12	3	3R	LT 12
22	2	1R/2R	LT 22
24	4	1R/2R 1R/2R	LT 24
27	4	3R	LT 27
28	2	1R/2R	LT 28
29	3	1R/2R	LT 29
31	2	1R/2R	LT 31
32	3	1R/2R	LT 32
38	3	1R/2R	LT 38
39	2	1R/2R	LT 39
48	2	3R	LT 48
64	2	1R/2R	LT 64
73	2	1R/2R	LT 73
81	5	1R/2R	LT 81
82	3	1R/2R	LT 82
103	2	1R/2R	LT 103
106	2	3R	LT 106
107	4	1R/2R 3R	LT 107
108	2	1R/2R	LT 108
110	2	3R	LT 110
119	4	1R/2R 3R	LT 119
128	2	1R/2R	LT 128
129	2	1R/2R	LT 129
135	2	1R/2R	LT 135
156	5	1R/2R 1R/2R	LT 156
157	2	3R	LT 157
161	2	1R/2R	LT 161
168	3	1R/2R 1R/2R	LT 168
172	2	1R/2R	LT 172
177	2	1R/2R	LT 177
188	6	1R/2R 1R/2R 3R	LT 188
207	3	1R/2R	LT 207
208	2	1R/2R	LT 208
212	2	1R/2R	LT 212
218	2	1R/2R	LT 218
227	2	3R	LT 227
234	2	1R/2R	LT 234
236	8	1R/2R 1R/2R 1R/2R 3R 3R	LT 236
240	2	1R/2R	LT 240
242	2	1R/2R	LT 242
254	3	1R/2R	LT 254
256	2	1R/2R	LT 256
257	2	3R	LT 257
258	2	3R	LT 258
262	2	1R/2R	LT 262
269	2	1R/2R	LT 269
272	4	1R/2R 3R	LT 272
279	2	1R/2R	LT 279
282	2	1R/2R	LT 282
285	6	1R/2R 3R	LT 285
304	2	1R/2R	LT 304
305	2	1R/2R	LT 305
310	2	3R	LT 310
314	2	3R	LT 314
319	2	1R/2R	LT 319
324	4	1R/2R 3R 3R	LT 324
325	2	1R/2R	LT 325
343	2	1R/2R	LT 343
354	4	1R/2R	LT 354
369	6	1R/2R	LT 369
374	2	1R/2R	LT 374
385	2	1R/2R	LT 385
388	2	1R/2R	LT 388
392	2	1R/2R	LT 392
411	3	1R/2R	LT 411
414	2	1R/2R	LT 414
421	3	1R/2R	LT 421
423	2	1R/2R	LT 423
427	4	1R/2R	LT 427
430	4	3R	LT 430
447	4	1R/2R	LT 447
451	3	1R/2R 1R/2R	LT 451
456	3	1R/2R 3R	LT 456
462	3	1R/2R	LT 462
465	3	1R/2R	LT 465
466	2	1R/2R	LT 466
467	4	1R/2R 3R	LT 467
469	2	1R/2R	LT 469
471	2	3R	LT 471
473	2	3R	LT 473
476	5	1R/2R 1R/2R	LT 476
477	8	1R/2R 1R/2R 1R/2R	LT 477
480	2	1R/2R	LT 480
484	4	1R/2R	LT 484
487	4	3R	LT 487
493	2	3R	LT 493
499	3	1R/2R 3R	LT 499
505	4	1R/2R 1R/2R 3R	LT 505
513	2	3R	LT 513
519	2	3R	LT 519
527	3	1R/2R	LT 527
531	2	3R	LT 531
535	2	1R/2R	LT 535
536	2	3R	LT 536
541	2	3R	LT 541
549	3	1R/2R 3R	LT 549
563	2	1R/2R	LT 563
565	4	1R/2R	LT 565
570	2	1R/2R	LT 570
572	4	3R	LT 572
574	2	3R	LT 574
575	2	3R	LT 575
576	3	1R/2R	LT 576
589	2	3R	LT 589
590	2	1R/2R	LT 590
595	2	3R	LT 595
596	6	1R/2R 3R	LT 596
611	2	3R	LT 611
612	2	3R	LT 612
617	3	3R	LT 617
620	2	3R	LT 620
627	6	1R/2R 1R/2R 1R/2R	LT 627
635	2	1R/2R	LT 635
640	7	1R/2R 1R/2R 3R	LT 640
644	4	1R/2R 1R/2R	LT 644
650	2	3R	LT 650
653	2	1R/2R	LT 653
655	2	3R	LT 655
657	2	3R	LT 657
664	4	3R	LT 664
670	2	1R/2R	LT 670
673	3	1R/2R	LT 673
676	5	1R/2R 1R/2R 3R 3R	LT 676
678	4	1R/2R	LT 678
679	2	3R	LT 679
696	2	1R/2R	LT 696
709	2	3R	LT 709
715	2	3R	LT 715
724	2	1R/2R	LT 724
726	4	1R/2R 3R	LT 726
757	2	3R	LT 757
764	2	3R	LT 764
766	2	1R/2R	LT 766
781	2	3R	LT 781
784	3	1R/2R 3R	LT 784
786	2	1R/2R	LT 786
793	2	3R	LT 793
796	2	1R/2R	LT 796
803	2	1R/2R	LT 803
811	2	1R/2R	LT 811
820	2	1R/2R	LT 820
836	2	3R	LT 836
849	3	1R/2R	LT 849
851	2	1R/2R	LT 851
855	2	3R	LT 855
856	3	3R	LT 856
863	2	1R/2R	LT 863
873	3	1R/2R 1R/2R	LT 873
887	2	3R	LT 887
890	3	1R/2R	LT 890
902	5	1R/2R 1R/2R 3R	LT 902
904	3	1R/2R	LT 904
910	2	1R/2R	LT 910
911	2	1R/2R	LT 911
918	2	1R/2R	LT 918
926	5	1R/2R	LT 926
928	4	1R/2R 1R/2R	LT 928
930	7	1R/2R	LT 930
935	2	1R/2R	LT 935
936	3	1R/2R	LT 936
943	2	3R	LT 943
946	3	1R/2R 1R/2R	LT 946
950	6	1R/2R 1R/2R 3R	LT 950
957	2	1R/2R	LT 957
962	2	1R/2R	LT 962
963	3	1R/2R 3R	LT 963
966	3	3R	LT 966
981	2	1R/2R	LT 981
995	3	1R/2R	LT 995
997	2	3R	LT 997
999	4	1R/2R	LT 999
1002	2	3R	LT 1002
1011	3	1R/2R 3R	LT 1011
1022	2	1R/2R	LT 1022
1025	2	3R	LT 1025
1032	3	1R/2R	LT 1032
1042	2	1R/2R	LT 1042
1049	2	3R	LT 1049
1052	2	1R/2R	LT 1052
1063	3	1R/2R 3R	LT 1063
1070	2	3R	LT 1070
1074	9	3R	LT 1074
1080	3	1R/2R	LT 1080
1094	3	1R/2R 3R	LT 1094
1099	2	3R	LT 1099
1123	2	3R	LT 1123
1127	2	3R	LT 1127
1133	2	1R/2R	LT 1133
1134	2	1R/2R	LT 1134
1146	2	1R/2R	LT 1146
1150	2	1R/2R	LT 1150
1154	2	3R	LT 1154
1174	4	3R	LT 1174
1176	2	3R	LT 1176
1180	3	3R	LT 1180
1183	3	3R	LT 1183
1185	2	1R/2R	LT 1185
1186	4	1R/2R 1R/2R	LT 1186
1191	2	3R	LT 1191
1195	2	3R	LT 1195
1196	3	1R/2R 1R/2R	LT 1196
1198	2	3R	LT 1198
1205	3	3R	LT 1205
1214	2	1R/2R	LT 1214
1223	3	1R/2R 1R/2R	LT 1223
1226	2	3R	LT 1226
1227	3	1R/2R 3R	LT 1227
1231	3	1R/2R	LT 1231
1240	4	1R/2R	LT 1240
1244	2	1R/2R	LT 1244
1246	2	1R/2R	LT 1246
1262	2	3R	LT 1262
1271	2	1R/2R	LT 1271
1277	2	1R/2R	LT 1277
1278	2	1R/2R	LT 1278
1288	2	1R/2R	LT 1288
1292	5	1R/2R 1R/2R 3R	LT 1292
1298	3	1R/2R 3R	LT 1298
1299	3	3R	LT 1299
1311	5	3R	LT 1311
1313	2	3R	LT 1313
1320	2	1R/2R	LT 1320
1321	2	1R/2R	LT 1321
1322	2	3R	LT 1322
1328	2	3R	LT 1328
1333	3	3R 3R	LT 1333
1336	2	1R/2R	LT 1336
1337	3	1R/2R	LT 1337
1345	2	1R/2R	LT 1345
1350	4	1R/2R 1R/2R	LT 1350
1352	3	3R	LT 1352
1358	2	1R/2R	LT 1358
1361	5	3R	LT 1361
1362	2	3R	LT 1362
1365	2	1R/2R	LT 1365
1374	4	3R	LT 1374
1375	2	1R/2R	LT 1375
1376	2	1R/2R	LT 1376
1379	3	1R/2R 3R	LT 1379
1381	3	1R/2R	LT 1381
1386	2	3R	LT 1386
1394	2	1R/2R	LT 1394
1399	2	1R/2R	LT 1399
1411	3	1R/2R	LT 1411
1416	3	1R/2R 1R/2R	LT 1416
1424	2	3R	LT 1424
1434	2	1R/2R	LT 1434
1445	3	1R/2R	LT 1445
1459	3	1R/2R	LT 1459
1467	2	1R/2R	LT 1467
1468	6	1R/2R	LT 1468
1477	2	1R/2R	LT 1477
1486	2	3R	LT 1486
1496	2	1R/2R	LT 1496
1503	2	1R/2R	LT 1503
1507	2	1R/2R	LT 1507
1509	2	1R/2R	LT 1509
1524	3	3R	LT 1524
1530	2	3R	LT 1530
1532	2	1R/2R	LT 1532
1535	2	1R/2R	LT 1535
1544	4	1R/2R	LT 1544
1546	2	1R/2R	LT 1546
1559	2	1R/2R	LT 1559
1562	3	1R/2R 3R	LT 1562
1579	2	1R/2R	LT 1579
1595	2	3R	LT 1595
1601	2	3R	LT 1601
1603	2	1R/2R	LT 1603
1619	2	1R/2R	LT 1619
1625	6	1R/2R 3R	LT 1625
1629	3	1R/2R	LT 1629
1643	2	3R	LT 1643
1647	2	1R/2R	LT 1647
1656	2	1R/2R	LT 1656
1658	2	3R	LT 1658
1661	3	1R/2R	LT 1661
1662	2	1R/2R	LT 1662
1663	3	1R/2R 1R/2R	LT 1663
1674	2	3R	LT 1674
1679	2	3R	LT 1679
1686	2	1R/2R	LT 1686
1698	2	1R/2R	LT 1698
1702	3	1R/2R	LT 1702
1704	2	3R	LT 1704
1707	2	1R/2R	LT 1707
1712	2	3R	LT 1712
1718	3	1R/2R	LT 1718
1719	2	3R	LT 1719
1727	3	1R/2R 1R/2R	LT 1727
1732	2	1R/2R	LT 1732
1736	3	1R/2R	LT 1736
1753	2	1R/2R	LT 1753
1758	2	1R/2R	LT 1758
1769	2	1R/2R	LT 1769
1783	3	1R/2R	LT 1783
1787	2	1R/2R	LT 1787
1792	2	1R/2R	LT 1792
1793	2	1R/2R	LT 1793
1803	2	1R/2R	LT 1803
1807	2	1R/2R	LT 1807
1816	2	1R/2R	LT 1816
1817	2	1R/2R	LT 1817
1830	2	3R	LT 1830
1833	2	1R/2R	LT 1833
1856	3	1R/2R	LT 1856
1865	2	1R/2R	LT 1865
1879	2	1R/2R	LT 1879
1884	2	1R/2R	LT 1884
1887	2	1R/2R	LT 1887
1891	3	1R/2R	LT 1891
1897	3	1R/2R 3R	LT 1897
1898	2	1R/2R	LT 1898
1903	2	1R/2R	LT 1903
1938	2	1R/2R	LT 1938
1945	2	3R	LT 1945
1949	2	3R	LT 1949
1950	2	3R	LT 1950
2022	2	1R/2R	LT 2022
2024	3	1R/2R 3R	LT 2024
2064	2	1R/2R	LT 2064
2071	2	1R/2R	LT 2071
2073	2	1R/2R	LT 2073
2075	4	1R/2R	LT 2075
2080	2	3R	LT 2080
2095	2	3R	LT 2095
2132	2	1R/2R	LT 2132
2140	3	1R/2R	LT 2140
2146	2	3R	LT 2146
2155	2	1R/2R	LT 2155
2162	2	3R	LT 2162
2163	5	1R/2R	LT 2163
2164	2	1R/2R	LT 2164
2178	2	1R/2R	LT 2178
2181	3	1R/2R	LT 2181
2187	3	1R/2R	LT 2187
2212	2	3R	LT 2212
2222	2	3R	LT 2222
2234	5	3R 3R	LT 2234
2246	2	3R	LT 2246
2255	2	1R/2R	LT 2255
2256	2	1R/2R	LT 2256
2260	2	1R/2R	LT 2260
2261	2	1R/2R	LT 2261
2278	4	3R	LT 2278
2285	2	1R/2R	LT 2285
2307	2	1R/2R	LT 2307
2310	3	3R 3R	LT 2310
2311	2	1R/2R	LT 2311
2315	2	1R/2R	LT 2315
2320	2	1R/2R	LT 2320
2324	2	1R/2R	LT 2324
2332	2	1R/2R	LT 2332
2340	2	1R/2R	LT 2340
2343	2	1R/2R	LT 2343
2361	2	1R/2R	LT 2361
2381	2	1R/2R	LT 2381
2394	2	1R/2R	LT 2394
2397	3	1R/2R 3R	LT 2397
2408	2	1R/2R	LT 2408
2415	3	1R/2R	LT 2415
2426	4	1R/2R 3R	LT 2426
2430	2	1R/2R	LT 2430
2435	2	3R	LT 2435
2442	2	3R	LT 2442
2444	2	1R/2R	LT 2444
2445	2	1R/2R	LT 2445
2458	2	1R/2R	LT 2458
2463	2	1R/2R	LT 2463
2482	2	1R/2R	LT 2482
2484	2	1R/2R	LT 2484
2488	3	1R/2R 1R/2R	LT 2488
2497	2	1R/2R	LT 2497
2504	4	3R	LT 2504
2508	2	1R/2R	LT 2508
2524	2	3R	LT 2524
2528	2	3R	LT 2528
2545	2	1R/2R	LT 2545
2548	2	1R/2R	LT 2548
2553	2	3R	LT 2553
2563	2	1R/2R	LT 2563
2567	2	1R/2R	LT 2567
2569	2	3R	LT 2569
2572	2	1R/2R	LT 2572
2575	3	1R/2R	LT 2575
2576	2	1R/2R	LT 2576
2589	2	1R/2R	LT 2589
2591	2	3R	LT 2591
2614	3	1R/2R	LT 2614
2624	3	1R/2R	LT 2624
2629	3	1R/2R	LT 2629
2637	2	1R/2R	LT 2637
2639	2	1R/2R	LT 2639
2651	4	1R/2R 1R/2R	LT 2651
2656	3	1R/2R	LT 2656
2673	2	1R/2R	LT 2673
2674	3	1R/2R	LT 2674
2679	2	3R	LT 2679
2687	2	1R/2R	LT 2687
2714	2	3R	LT 2714
2750	2	1R/2R	LT 2750
2759	2	1R/2R	LT 2759
2762	2	3R	LT 2762
2768	2	3R	LT 2768
2781	2	1R/2R	LT 2781
2793	2	1R/2R	LT 2793
2796	2	3R	LT 2796
2798	3	1R/2R 1R/2R	LT 2798
2815	2	3R	LT 2815
2820	2	1R/2R	LT 2820
2832	2	1R/2R	LT 2832
2838	2	3R	LT 2838
2839	3	1R/2R	LT 2839
2841	3	3R 3R	LT 2841
2842	2	1R/2R	LT 2842
2857	3	1R/2R	LT 2857
2861	2	1R/2R	LT 2861
2869	2	3R	LT 2869
2893	2	1R/2R	LT 2893
2901	2	1R/2R	LT 2901
2903	2	3R	LT 2903
2937	2	3R	LT 2937
2960	2	1R/2R	LT 2960
3005	2	3R	LT 3005
3007	2	1R/2R	LT 3007
3045	2	3R	LT 3045
3095	2	1R/2R	LT 3095
3103	2	1R/2R	LT 3103
3135	2	1R/2R	LT 3135
3273	2	1R/2R	LT 3273